在 Domino R5 及以前的版本中，网络域中的每台服务器都有主 Domino 目录的完整复本。对于大型机构、企业来说，Domino 目录所占用的空间、维护目录同步所需要的开销都较大。在 Domino 6 中，服务器可以不必拥有 Domino 目录的完整复本，需要时到其他服务器上去进行查询。这种目录结构称为集中目录结构。

集中目录结构与传统的分布式目录结构不同，在分布式目录结构中，网络域中的每台服务器都有主 Domino 目录的完整复本。而在集中目录结构中，网络域中的部分服务器可以拥有主 Domino 目录的选择性复本。这些复本称为“配置目录”，仅包含用于在 Domino 网络域中配置服务器的文档，如“服务器”文档、“连接”文档和“配置设置”文档等，而不包含用户、群组等文档。具有配置目录的服务器可以使用另一台服务器上的远程主 Domino 目录查找有关用户和群组的信息以及与传统目录服务相关的信息。

集中目录结构可以：
* 为具有配置目录的服务器提供对新信息的快速访问，因为这些服务器不需要等待将信息复制给它们。
* 使存储配置目录的服务器能够在性能较低的机器上运行，因为它们不必存储和维护主 Domino 目录。
* 对目录管理提供更严密的管理性控制，因为仅有少数的目录复本包含用户和群组信息。
具有配置目录的服务器需要连接到具有主 Domino 目录的远程服务器，以便在下列未存储在本地的文档中查找信息：
* 个人
* 群组
* 函件收集数据库
* 资源
* 您所添加的任何定制文档
例如，为验证用户，具有配置目录的服务器会在网络域中另一台服务器上远程主 Domino 目录的“个人”文档中查找用户证书。
在网络域中设置另一台服务器时，可以将 Domino 目录设置为配置目录。如果服务器已经设置好，可以使用目录的复制设置将主 Domino 目录更改为配置目录，或者将配置目录更改为主 Domino 目录。
对于网络域中拥有大型 Domino 目录的企业组织而言，集中目录结构最为有用。使用集中目录结构需要使用远程目录查找，因此对网络速度的要求较高。另外，用来存储主 Domino 目录（充当远程主目录）的服务器必须有能力处理由远程查找所带来的额外工作负载。
可以在同一个网络域内使用混合目录结构。例如，假定在某个公司的总部有多台服务器通过快速网络连接。另外还有一些远程办事处，它们的网络带宽有限，但位于同一网络域内。公司总部的服务器可以使用集中目录模型，该模型包含主 Domino 目录和配置目录的组合；而远程卫星办事处则可以继续使用分布式目录结构，即每台服务器都存储主 Domino 目录。